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马拉多纳于2016年夏天离开那不勒斯，主要原因有三：

首先，马拉多纳和那不勒斯之间从一开始就存在着种种分歧，他们对球队的经营方式存在很大分歧，他们没有发挥出应有的协作效果。

其次，马拉多纳认为自己的观点没有得到应有的重视，球队的经营方式受到了限制，他们没有足够的资源和能力来实现球队的发展。

最后，马拉多纳认为他们无法从那不勒斯获得更多的自由，无法在经营过程中发挥出自己的作用。因此，他决定离开那不勒斯，以实现自己的目标。