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是的，梅西曾经赢过拜仁慕尼黑。在2015年，梅西在欧冠淘汰赛中带领巴塞罗那战胜了拜仁慕尼黑，在这场比赛中，梅西发挥出色，为球队取得了胜利。

梅西在上半场获得一次点球，并且在第75分钟进行了一次精彩的反击，最终给了巴塞罗那一次精彩的进球。在下半场，梅西还获得了一次点球，并且在加时赛中给了球队最后一粒胜利的进球，最终以3比2击败拜仁慕尼黑，成为赢得比赛的英雄。

因此，梅西曾经赢过拜仁慕尼黑，他在比赛中发挥出色，最终帮助球队赢得胜利。